北京市交通局是主管北京市公路和水路交通行业的北京市人民政府工作部门。北京市交通局机关编制19名，其中：行政编制18名，工勤编制1名。设局长1名，副局长3名，科室领导职数9名，县级非领导职数2名，市国防动员委员会交通战备办公室主任由交通局局长兼任，设专职副主任1名（正科级）。2002年成立党组，党组成员7名。北京市交通局下设2办3科：办公室、总工程师办公室、基本建设管理科，财务审计监督科，法规、安全监督科。

  局属企、事业单位12个：市公路管理局、市交通运政管理处（加挂市地方海事局、市航务管理处牌子）、市交通局公路路政管理支队、市交通局交通保卫处、市公交出租车辆管理处、市公共汽车服务公司、市公路工程质量监督站、市交通行业培训考核职业技能鉴定所、北京交通集团公司、市高等级公路有限责任公司、云南省公路工程监理咨询公司北京分公司、天泉酒店。